Все в 1963 году, когда главный редактор программ для детей и юношества Валентина Федорова предложила создать на советском телевидении передачу для малышей. Ее вдохновил немецкий мультфильм о песочном человеке (Sandmnnchen), который она увидела во время поездки в ГДР.
Затем последовала работа над созданием сценариев и эскизов, в которой приняли участие Александр Курляндский, Эдуард Успенский, Андрей Усачев, Роман Сеф. 1 сентября 1964 года передача вышла в эфир Центрального телевидения СССР.
Первая заставка была черно-белой, на ней изображались часы с двигающимися стрелками. Из-за того, что передача выходила не в одно и то же время, художнику Ирине Власовой приходилось каждый раз заново «устанавливать» стрелки часов.
Изначально в передаче не было ни мультфильмов, ни кукол. На экране показывали рисунки известных мультипликаторов, а диктор читал текст за кадром. Уже потом в программе появились кукольные спектакли-миниатюры с участием различных персонажей: зайца Тепы, Буратино, собачки Чижик, Алеши-Почемучки, Шустрика и Мямлика. Все эти куклы изготавливались в знаменитом театре Сергея Образцова.
Помимо сказочных героев в «Спокойной ночи, малыши!» принимали участие дети 4-6 лет, в гости к которым приходили известные театральные актеры. Они давали ребятам советы и рассказывали им сказки.
Героям помогали вести передачу известные дикторы - Валентина Леонтьева, Владимир Ухтин, Ангелина Вовк, Татьяна Судец и Татьяна Веденеева. После небольшой интермедии с участием ведущих программы следовал обязательный мультфильм. Часто мультик обрывали на самом интересном месте, и продолжения сказки приходилось ждать до следующей передачи.
Несмотря на высокий рейтинг и огромную популярность у малышей, в начале 2000-х годов программа оказалась на грани закрытия. Было принято решение убрать «Спокойной ночи, малыши!» из эфира Первого канала и перенести программу на другой канал с меньшей аудиторией.
«Это была бы, наверное, самая большая потеря для детей, потому что, как вы знаете, в СССР существовало три оригинальных телеформата - 'КВН', 'Что? Где? Когда?' и 'Спокойной ночи, малыши!'. Все остальные покупали или копировали», - считает продюсер программы Александр Митрошенков.
По его словам, тогда программу спас генеральный директор ВГТРК Олег Добродеев, который «точно понимал значение и масштаб этой детской телепередачи». «Не успели еще высохнуть чернила на приказе о том, что 'Спокушки' больше не выходят на Первом канале, как уже было подписано новое распоряжение о том, что программа стартует на канале 'Россия'. С тех пор она там и выходит», - вспоминает продюсер.
В честь юбилея создатели передачи готовят к выпуску образовательный цикл передач о животных, а также планируют ввести в программу нового кукольного персонажа. Имя его пока держится в строжайшем секрете, известно только то, что этот герой будет сделан в формате 3D и появится в эфире в конце октября.
В 1997, 2002 и 2003 годах передача «Спокойной ночи, малыши!» получала премии ТЭФИ как лучшая среди детских программ. Кроме того, «Спокойной ночи, малыши!» претендует на место в Книге рекордов Гиннеса как самая старая детская программа в мире.